Det er viktig å få til gode koblinger mellom aktivitetene som departementet gjør som faglig sekretariat for politisk ledelse, og aktivitetene departementet gjør som styrer av underlagt virksomhet og iverksetter av politiske vedtak. For å lykkes med dette er det avgjørende at departementet følger opp Stortingets vedtak i etatsstyringen. 

Når politikken utformes er det også viktig at departementet tenker gjennom konsekvensene for etatsstyringen: Hvordan kan politikken best operasjonaliseres? Hva er egnede styringsparametere? Med hvilken tidshorisont skal målet realiseres? Er det aktuelt å formulere delmål med en kortere tidshorisont?

Politisk ledelse har naturlig nok stor oppmerksomhet rettet mot budsjettene. For å sikre en god kobling til etatsstyringsprosessen bør departementet, allerede når satsingsforslag utformes, tenke gjennom hvordan dette skal bringes videre i etatsstyringen. Dette kan også bidra til at politisk ledelse får et bedre grunnlag for å vurdere politiske konsekvenser og samlet styringsopplegg på en helhetlig måte.

Det er i tillegg viktig å utvikle gode mekanismer for å bringe de faglige perspektivene fra underliggende virksomhet inn i politikkprosessen. Dette kan for eksempel skje gjennom satsingsforslag i budsjettprosessen og gjennom utarbeidelsen av langtidsplaner og meldinger. For de fleste av disse dokumentene er det utarbeidet krav til hvordan prosessene med utarbeidelse av dokumentene skal foregå. Kravene er blant annet formulert i utredningsinstruksen.