En underliggende virksomhet er alltid forankret hos en statsråd som står ansvarlig overfor Stortinget. Ansvarslinjen er ubrutt, med mindre annet er bestemt i lovs form. Dette betyr at det må være etablert en fullmaktsstruktur som sikrer at avgjørelser truffet på et lavere nivå er innenfor de rammer som statsråden kan forsvare overfor Stortinget.

Ansvarslinjen utfordres dersom virksomheter tildeles formell uavhengighet, dersom praktisert uavhengighet ikke er formalisert og/eller departementet av andre årsaker ønsker å være tilbakeholden med å bruke formelle styringsvirkemidler overfor underliggende virksomhet. Ansvarslinjen utfordres også av større mangfold når det gjelder underliggende virksomheters tilknytning til staten, ulike partnerskapsmodeller og ulike nettverksrelasjoner. Departementets styringsbehov vil som regel være forskjellig for ulike organisasjons- og tilknytningsformer, og dette får konsekvenser for hvordan etatsstyringen utformes overfor den enkelte virksomheten.

Underliggende virksomheter har ofte oppgaver med grensesnitt til andre statlige virksomheter eller til kommunesektoren, frivillige organisasjoner og private aktører. Selv om alle har oppgaver knyttet til gjennomføring av politikken, har de ulik tilknytning til offentlig sektor.

De ansvarlige departementene har bare instruksjonsrett overfor virksomheter som er en del av statsforvaltningen. Andre aktører som kommuner, private og veldedige organisasjoner, hel- og deleide statlige og private selskaper har en annen tilknytning. For å kunne nå målene på området er departementet imidlertid avhengig av at andre aktører også bidrar ut fra sine forutsetninger og innenfor sine rammebetingelser. Det er avgjørende viktig at etatsstyringen utformes og tilpasses dette.